Cha ông là danh tướng Nguyễn Kim. Tướng Nguyễn Kim có hai con trai là Nguyễn Uông và Nguyễn Hoàng. Sau khi Nguyễn Kim bị Dương chấp nhất hạ độc chết, Nguyễn Uông được vua Lê Trang Tông phong làm Lãng Xuyên Hầu, sau tiến phong Tả tướng quân, còn Nguyễn Hoàng được vua Lê Trang Tông phong làm Hạ Khê hầu, sai đem quân đi đánh giặc lập được nhiều công lao nên được vua lê phong tước đoan quận công.

Sau khi Nguyễn Kim chết, con rể là Trịnh Kiểm lên nắm binh quyền. Để thao túng triều chính, Trịnh Kiểm sau đó đã sát hại Nguyễn Uông. Nguyễn Hoàng vì lo sợ người bị Trịnh Kiểm hại tiếp theo sẽ là mình nên xin với người chị là Ngọc Bảo (vợ Trịnh Kiểm) để xin với Trịnh Kiểm cho mình vào đất Thuận Hóa trấn thủ và được Trịnh Kiểm bằng lòng. Từ đó, Nguyễn Hoàng trở thành người mở đầu cho sự nghiệp của các chúa Nguyễn ở miền nam Việt Nam và mở ra thế cục Trịnh - Nguyễn phân tranh sau này.